香港都會大學的研究發現，在2020年1月至今年5月的疫情期間，居屋第二市場的樓價下跌9.8%，同期私樓樓價則上升約0.5至2.7%。

都會大學在2020年開始編製「居屋價格指數」，選出過去本地居屋第二市場成交量最高的50個屋苑作為「成份屋苑」，估算出每月份屋苑的市值，再與基數月份市值作對比。指數反映過去12年來，居屋價格累升278%，跑贏私樓升勢。團隊強調，並非鼓吹居屋炒賣，而是希望透過分析，供市民及政府參考。

至於居屋第二市場價格走勢與私樓樓價在疫情下呈現明顯差異，都會大學人文社會科學學院助理教授馬耀宗表示，主要是由於過往十年居屋升幅較大，當整體樓市走勢放緩，流動性較低的居屋吸引力減少，加上近年一手新居屋折扣率高，二手市場變相價格相對昂貴，吸引力減少，經濟環境亦是影響因素之一。

馬耀宗認為，二手居屋價格上升，可令居屋業主更易轉投私樓市場，加快資助房屋流轉，建議當局毋須因二手居屋價格上升而過分規管居屋第二市場。