政府公布三隧分流方案，分兩階段實施。運輸署署長羅淑佩說，分兩階段是由於政府收回西隧專營權後，新的管理公司需時適應、西隧採用「易通行」，以及駕駛人士要逐步適應新收費表等。根據調查，若收費差距有20元至30元，一半受訪市民的出行習慣就會有改變。

有立法會議員希望在第二階段實施「不同時段、不同收費」時，三條隧道的繁忙時間不同，希望車輛分流到西隧，以及鼓勵駕駛人士較多在晚間的非繁忙時段出行。