連接深圳灣口岸的深圳地鐵13號綫第一期南段早上通車，建設中的第二期工程，現階段亦由合營公司提供項目管理顧問服務。

參與營運的港鐵公司表示，13號綫第一期工程屬公私合營項目，全長約22.44公里，總共有16個車站，首通段佔其中約6.36公里，由深圳灣口岸站至高新中站，共設7個車站，其中4個為轉車站，乘客乘搭13號綫可轉乘至深圳灣超級總部基地、后海中心區、高新科技園和前海合作區等核心區域。

港鐵表示，新綫將進一步便利港深兩地以及粵港澳大灣區的人員往來，並有助滿足沿綫地區的交通需求，為深圳市民提供更便利和高效的出行體驗。

深圳口岸辦表示，今早通車的路綫，營運時間為早上6時半至晚上11時，單程行車時間約12分鐘，只需從深圳灣口岸站B出口或C出口出站，步行百米，即可抵達深圳灣口岸旅檢大樓。

口岸辦又說，已增派人員進行客流疏導工作；增設沿途路線的指示牌；密切與港鐵公司的溝通，建立港鐵深圳灣站聯勤聯動機制，聯合制定大客流應對方案，做好應急準備工作。口岸辦預計，隨著新綫開通，深圳灣口岸將迎來出入境小高峰。