立法會政府帳目委員會早前對「屯門至赤鱲角連接路」工程造價超支表示關注，促請政府工務部門在推展工程項目時，嚴格遵循工程項目原有的資源配置。

政務司司長陳國基出席立法會大會回覆表示，政府接納帳委會的建議，發展局會繼續檢視顧問的表現評核制度，適時引入優化措施，以促使顧問提升服務表現。他又說，當局促請政府工務部門，在推展工程項目時，需要遵從工程項目中原定的資源配置，發展局和財經事務及庫務局正檢討現行工程項目的資源運用機制，包括有關應急費用和價格調整撥備，並計劃加強現有監管機制，定期向立法會匯報工程項目，使用價格調整撥備的情況，以進一步確保資源得以妥善使用。政府有信心工程項目的實際總開支，會維持在核准工程預算總額大約467億元之內。

另外，帳委會關注納米及先進材料研發院受政府基金資助，但在2019至2024年期間有多項業績表現未能達標。陳國基表示，在創新及科技基金資助的研發項目方面，當局已落實一系列管控措施，包括審批研發院的申請時，評估項目計劃書的各項開支預算是否合理等，並會繼續按審慎理財原則，管控研發中心的營運開支，確保投放在推動創新科技的公帑用得其所。