運輸及物流局局長陳美寶表示，新皇崗口岸聯檢大樓正進行地上主體結構施工，目標是力爭於今年底基本完成聯檢大樓建設。口岸啓用安排和時間表有待深港兩地政府進一步商討。重建後的新皇崗口岸採用「一地兩檢」安排，並實施「合作查驗、一次放行」通關模式，進一步提升旅客過關效率。

陳美寶書面回覆立法會議員質詢表示，新皇崗口岸設計通關流量約為每日20萬人次，而在港鐵北環綫支線開通後，更可提升至每日約30萬人次；跨境車輛的設計通關流量則大約為每日1萬5千架次。她說有關設計通關流量足以應付口岸開通初期人流車流的預算需求，待兩地政府就口岸啓用的具體安排達成共識後，會提前部署人手安排。

陳美寶又說，由於新皇崗口岸位處深港邊境中部位置，且連接深圳地鐵七號線，前往深圳各區十分方便，預計現時部分使用其他陸路及鐵路的跨境旅客會改用新皇崗口岸往來深港兩地。新皇崗口岸聯檢大樓港方口岸區將設有公共運輸交匯處，供本地及跨境公共運輸工具使用。