重建後的新皇崗口岸將實施「一地兩檢」，有立法會議員關注，日後本港市民使用該口岸時是否只需使用一張證件就可過關，即「北上回鄉證、南下身份證」。

保安局局長鄧炳強回應說，在「合作查驗、一次放行」的模式下，市民由香港前往內地使用回鄉證，由內地返港使用身份證，有關模式是參照澳門與內地的做法，若市民希望使用這項通關服務，需自行向內地部門預先登記，同意內地可獲取相關資料，日後蓮塘/香園圍口岸亦希望採用這模式，特區政府正與內地當局相討。

鄧炳強在立法會保安事務委員會會議上又說，在這個嶄新通關模式之下，旅客只需要排一次隊、檢查一次證件、核實一次身份，便可完成兩地的出入境手續，通關時間會由原本約30分鐘大幅縮短至約5分鐘，強調實施「一地兩檢」可便利旅客在同一個地點辦理兩地出入境手續，大幅提升通關效率。

位於深圳市的皇崗口岸重建工程預計本年底基本完成，料明年投入使用，提供純旅檢服務，每日通關流量可達到約20萬旅客人次，以及約1萬5千跨境車輛架次。特區政府將在口岸大樓內設立「港方口岸區」，內地及港方口岸區總共會設置134條合作查驗自動通道和68個人工櫃台。

鄧炳強預計，今年第四季可開始讓港方人員進入新皇崗口岸工地，進行相關工程和安裝通關設施，工程費用約15億7900萬元，政府今年第四季會向立法會財委會提交撥款申請。