由機管局成立，獨立營運的改善海洋生態基金及漁業提升基金，最新批出合共逾1600萬元資助16個提升海洋生態及漁業項目。

改善海洋生態基金批出約640萬元資助9個項目，包括追蹤香港西部水域極度瀕危的黃唇魚潛在分佈、評估香港西部軟岸蛤蜊的生態和遺傳多樣性等。

漁業提升基金則向7個項目共資助超過1000萬元，項目包括運用及評估納米氣泡技術修復香港漁場海床、探討在香港水域養殖紅瓜子石斑的可行性等。

機管局向兩個獨立基金合共注資4億元，由2016年成立至今，已批出約1.12億元支持海洋生態及漁業項目。