政府表示，沙頭角口岸重建後將以 「跨河建 」的安排重建，政府聘請的顧問公司正進行工程可行性研究，預計今年內完成 。研究範圍包括在「人車直達」的運作模式下，重建沙頭角口岸所涉及的土地範圍、道路及基礎設施。在「人車直達」的運作模式下 ，口岸將設有公共運輸交匯處及停車場。

沙頭角管制站在疫情前平均每天旅客處理量約7300人次，當局表示，口岸重建後，旅客處理能力將會提升至單日4萬人次。

政府向北區區議會提交文件，交代沙頭角口岸重建項目進展，根據特區政府與深圳政府同意的重建方案，港方重建項目涉及的土地範圍，涵蓋沙頭角管制站原址及部分周邊土地，初步估算約5.5公頃，其中約1.1公頃為私人土地。

按照顧問公司為重建沙頭角口岸進行的初步交通影響評估，在考慮「人車直達」及設計旅客處理能力為單日4萬人次的情況下，周邊的主要連接道路及道路交界處仍然會有足夠的剩餘容車量，因此預期重建沙頭角口岸不會對附近的交通產生負面影響。