行政長官李家超說，高度關注及重視電子選民登記冊晚上出現系統故障的事件，選管會將成立專責小組全力調查，找出問題成因，確保同類事件不再發生。

李家超在巡視皇仁書院點票站後見傳媒時表示，今次系統故障對選民造成不便，當局即時啟動後備方案，延長投票時間。他知道因時間延長，助選團及候選人都更辛苦，要繼續推動選舉工作，感謝他們的努力；又說當局今次其中一項重點工作，是確保投票及點票高效完成，今次出現故障與原先預期有落差。他要求選管會按有關條例，在選舉完成後3個月向他提交的報告中，就今次事件作出匯報。

李家超表示，政府在多個月前已開始部署和安排區議會選舉，亦花了很多精力推動選舉，讓市民明白區議會的價值、代表性以及為地區創造的社會利益等。今次選舉整體很成功，不應該因系統故障抹殺或忽略市民的參與度、各方面的組織度、參與人員的投入度，以及當選區議員的優質性。他說，不希望見到系統故障，但等同天氣變化或難以想像的停電、水浸事故等。針對突發事件，必須有底綫思維，因此設計選舉時有不同的預案，期望專責調查小組能找到成因並作出防範。

被問到會否擔心引起選舉呈請或司法覆核，李家超表示，選管會行使《選管會條例》作出決定，適當處理和安排一度暫停的投票工作，這是屬於選管會的職權，最重要是發生突發事情後的措施要公平、公正。